Film jest luźną adaptacją klasycznej powieści Josepha Conrada "Jądro ciemności", której akcja została przeniesiona w czasy wojny w Wietnamie. Film koncentruje się na podróży kapitana Willarda (Sheen) - oficera amerykańskiego wywiadu - wysłanego w głąb Kambodży z niebezpieczną misją "bezwzględnego wyeliminowania" dezertera, pułkownika Kurtza (Brando), który dając się ponieść własnemu szaleństwu, zbuntował się przeciw przełożonym.
Podróżując w górę rzeki kapitan Willard poznaje porucznika Kilgore'a (Duvall), który przy dźwiękach "Walkirii" Wagnera prowadzi szwadron helikopterów do walki i organizuje zawody w surfingu podczas gdy wróg ostrzeliwuje wybrzeże. To on umieszcza Willarda w wojskowej łodzi patrolowej, której czteroosobowa załoga tworzy swoisty mikrokosmos amerykańskiej armii. Ciemnoskóry dowódca Chief Philips to były taksówkarz próbujący uchronić swoją jednostkę przed zatonięciem, a swoich podwładnych przed narkotykowym obłędem. Chef, nowoorleański kucharz, zaciągnął się do marynarki w nadziei, że jada się tam lepiej niż w piechocie. Jest jeszcze Clean, ciemnoskóry nastolatek z Bronxu (w tej roli 15-letni Laurence Fishburne) i Lance, kalifornijski surfer, porwany przez wojenną zawieruchę. Przemierzając terytorium Kambodży zagłębiają się w otchłań iluzji i wszechogarniającego szaleństwa, poznają najciemniejsze zakamarki ludzkiego serca.